Какими критериями орган, ведущий административный процесс, должен руководствоваться при определении размера штрафа, если санкция статьи КоАП предусматривает только верхний его предел, например "наложение штрафа в размере до 200 базовых величин"?

Косвенно здесь можно применить критерии, перечисленные в ст. 7.2 КоАП. При наложении взыскания будет учитываться финансовое состояние юридического лица, характер совершенного правонарушения, степень общественной опасности, размер причиненного вреда и т.д. Кроме того, если субъект хозяйствования попадает в поле зрения контролирующего органа в первый раз, то санкция может определяться до нижнего порога, т.е. не меньше 10 базовых величин.